国际认证机构：有机棉进入国际市场是需要认证的，国内外从事有机棉标准指定,和认证的组织机构很多。

国际有机农业运动联合会(IFOAM，International Federation Of Organic Agriculture Movement)是主要的国际认证机构之一，制定了比较有影响的“有机纺织品标准”。

另外比较著名的国际认证机构,还有美国的有机贸易协会(OTA，Organic Trade Association)、英国的土壤协会(Soil Association)、德国的国际天然纺织工业协会(IVN.International Association Natural Industry)、欧洲的国际组织Demeter、瑞典和北欧的KRAV和日本的日本有机棉协会(JOCA，Japan Organic Cotton Association)。

瑞士的生态市场协会(IMO，Institute for Marketecology)和荷兰Skal是知名国际认证机构，IMO可以代表OTA、INV、Demeter等进行认证，IMO也是沃尔玛有机棉项目在土耳其、印度、中国、巴基斯坦和非洲国家的认证机构。

国内认证机构：中绿华夏有机食品认证中心,和南京国环有机产品认证中心是国内认证机构。

有机棉的染色标准,以 Oeko Tex Srandard 100生态纺织品标准做参考,指标必须达到：

（1）甲醛必须“未检出”。

（2）十种生态纺织品标准规定检测的重金属离子含量要“未检出”。

（3）偶氮染料中已列出的24种芳香胺物质必须是“未检出”。